COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 2.829401 2.829401 2.141188
2021-07-08 17:00:00 3.126682 1.955500 2.104457
2021-07-07 17:00:00 2.417714 2.417714 2.062755
2021-07-06 17:00:00 1.955500 1.955500 2.010248
2021-07-05 17:00:00 2.139991 2.139991 1.969419
2021-07-04 17:00:00 1.923810 1.923810 1.943660
2021-07-03 17:00:00 1.644493 1.644493 1.902384

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 2.846975 2.846975 3.061147
2021-07-08 17:00:00 5.163330 5.163330 2.989663
2021-07-07 17:00:00 3.424658 3.424658 2.923549
2021-07-06 17:00:00 2.917772 2.917772 2.865686
2021-07-05 17:00:00 1.871658 2.822030 2.781167
2021-07-04 17:00:00 1.460280 2.224199 2.678057
2021-07-03 17:00:00 1.351351 2.483370 2.574371

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 2.880658 2.880658 3.583539
2021-07-08 17:00:00 6.048387 6.048387 3.725406
2021-07-07 17:00:00 5.286344 5.286344 3.681947
2021-07-06 17:00:00 3.381643 3.381643 3.599524
2021-07-05 17:00:00 2.173913 0.443459 3.404382
2021-07-04 17:00:00 3.797468 2.643172 3.569704
2021-07-03 17:00:00 5.045872 5.045872 3.726428

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 2.683063 2.683063 1.969071
2021-07-08 17:00:00 2.968664 2.968664 1.903466
2021-07-07 17:00:00 2.027748 2.027748 1.862893
2021-07-06 17:00:00 1.305221 1.305221 1.796640
2021-07-05 17:00:00 2.040816 0.617284 1.733200
2021-07-04 17:00:00 1.552393 1.552393 1.727564
2021-07-03 17:00:00 3.311650 3.311650 1.714796

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 9.572215 6.391170 6.026562
2021-07-08 17:00:00 7.681366 7.681366 5.922243
2021-07-07 17:00:00 11.298207 6.246605 5.921654
2021-07-06 17:00:00 5.270864 5.270864 5.982671
2021-07-05 17:00:00 7.789233 3.607427 6.132289
2021-07-04 17:00:00 5.702436 5.702436 6.193135
2021-07-03 17:00:00 7.066599 7.066599 6.248331

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 6.966925 4.222379 4.110936
2021-07-08 17:00:00 6.791908 4.407514 4.134849
2021-07-07 17:00:00 4.108681 4.108681 4.118037
2021-07-06 17:00:00 3.023118 3.023118 4.096071
2021-07-05 17:00:00 8.226950 4.135472 4.118292
2021-07-04 17:00:00 4.605846 4.605846 4.152041
2021-07-03 17:00:00 4.606662 4.606662 4.177225

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 0.463594 2.390999 2.136780
2021-07-08 17:00:00 2.831595 2.831595 2.112870
2021-07-07 17:00:00 2.455357 2.455357 2.038618
2021-07-06 17:00:00 1.625000 1.625000 1.993228
2021-07-05 17:00:00 0.576369 0.576369 1.938686
2021-07-04 17:00:00 1.829268 1.829268 1.842842
2021-07-03 17:00:00 1.434720 1.434720 1.760415

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 3.737542 3.737542 3.244277
2021-07-08 17:00:00 4.444444 4.444444 3.159184
2021-07-07 17:00:00 3.676211 3.676211 3.079657
2021-07-06 17:00:00 1.428923 2.050194 2.972177
2021-07-05 17:00:00 3.336013 3.336013 2.860375
2021-07-04 17:00:00 2.618297 2.618297 2.822884
2021-07-03 17:00:00 2.639752 2.639752 2.740625

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 1.228324 1.228324 0.849425
2021-07-08 17:00:00 1.035599 1.035599 0.823303
2021-07-07 17:00:00 1.477105 1.477105 0.799005
2021-07-06 17:00:00 0.443599 0.443599 0.763954
2021-07-05 17:00:00 1.098901 0.524246 0.764569
2021-07-04 17:00:00 0.781250 0.781250 0.753565
2021-07-03 17:00:00 0.362319 0.362319 0.724029

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 1.915390 1.128414 1.164680
2021-07-08 17:00:00 1.995915 1.262532 1.158420
2021-07-07 17:00:00 0.885740 1.182462 1.156817
2021-07-06 17:00:00 1.150758 1.150758 1.155365
2021-07-05 17:00:00 0.846052 1.155556 1.151180
2021-07-04 17:00:00 1.109229 1.109229 1.143276
2021-07-03 17:00:00 0.911458 1.218663 1.133322

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 2.122905 2.122905 3.528273
2021-07-08 17:00:00 5.172414 5.172414 3.585162
2021-07-07 17:00:00 4.593640 4.593640 3.476925
2021-07-06 17:00:00 4.382022 4.382022 3.315805
2021-07-05 17:00:00 1.173021 0.435730 3.127771
2021-07-04 17:00:00 3.565217 4.357067 2.961760
2021-07-03 17:00:00 3.579418 3.579418 2.803113

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 2.427184 0.485437 0.472919
2021-07-08 17:00:00 1.226994 0.306748 0.455391
2021-07-07 17:00:00 2.312139 2.312139 0.436304
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.402420
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.366605
2021-07-04 17:00:00 0.681818 0.681818 0.354416
2021-07-03 17:00:00 0.300300 0.300300 0.369039

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 9.677419 4.435484 2.957666
2021-07-08 17:00:00 2.551020 2.551020 2.863320
2021-07-07 17:00:00 3.333333 3.333333 2.730165
2021-07-06 17:00:00 5.660377 2.264151 2.762489
2021-07-05 17:00:00 1.234568 1.234568 2.749254
2021-07-04 17:00:00 3.809524 3.809524 2.689361
2021-07-03 17:00:00 3.196347 3.196347 2.731966

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 0.523560 0.523560 0.683944
2021-07-08 17:00:00 0.720721 0.720721 0.700544
2021-07-07 17:00:00 0.867679 0.867679 0.745115
2021-07-06 17:00:00 0.214133 0.856531 0.760731
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.749038
2021-07-04 17:00:00 1.077199 1.077199 0.741193
2021-07-03 17:00:00 0.344828 0.555042 0.721952

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 1.006289 1.006289 0.936219
2021-07-08 17:00:00 1.659423 1.659423 0.884859
2021-07-07 17:00:00 0.993271 0.993271 0.856783
2021-07-06 17:00:00 0.845948 0.845948 0.823517
2021-07-05 17:00:00 0.649070 0.649070 0.790689
2021-07-04 17:00:00 0.960846 0.960846 0.773286
2021-07-03 17:00:00 0.462718 0.860162 0.756747

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 2.318230 2.318230 3.085463
2021-07-08 17:00:00 4.364184 4.364184 3.074035
2021-07-07 17:00:00 3.066333 3.066333 2.993175
2021-07-06 17:00:00 4.344678 4.344678 2.992375
2021-07-05 17:00:00 1.425856 1.425856 2.879857
2021-07-04 17:00:00 5.341880 5.341880 2.879560
2021-07-03 17:00:00 2.442827 2.442827 2.851442

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 2.472128 1.114881 1.108303
2021-07-08 17:00:00 1.637427 1.637427 1.064401
2021-07-07 17:00:00 1.126126 1.126126 1.036336
2021-07-06 17:00:00 1.247031 1.247031 0.990223
2021-07-05 17:00:00 1.477833 0.489263 0.952574
2021-07-04 17:00:00 1.902174 1.902174 0.931404
2021-07-03 17:00:00 0.358102 0.358102 0.914137

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 5.784173 3.582734 3.280702
2021-07-08 17:00:00 4.547342 2.782392 3.277840
2021-07-07 17:00:00 2.710768 2.710768 3.256710
2021-07-06 17:00:00 3.442505 3.442505 3.195057
2021-07-05 17:00:00 2.255932 4.842474 3.158368
2021-07-04 17:00:00 2.888700 2.888700 3.177557
2021-07-03 17:00:00 3.544036 3.544036 3.143281

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 1.889500 1.889500 1.286340
2021-07-08 17:00:00 2.147099 1.210598 1.266165
2021-07-07 17:00:00 0.850270 0.970185 1.227154
2021-07-06 17:00:00 1.381410 1.381410 1.204762
2021-07-05 17:00:00 2.513795 0.970185 1.172470
2021-07-04 17:00:00 1.184147 1.184147 1.146324
2021-07-03 17:00:00 1.232742 1.232742 1.130225

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 3.117506 3.117506 1.666526
2021-07-08 17:00:00 2.663438 2.663438 1.579643
2021-07-07 17:00:00 1.310861 1.310861 1.530299
2021-07-06 17:00:00 0.192308 0.192308 1.491272
2021-07-05 17:00:00 1.898734 0.656455 1.439907
2021-07-04 17:00:00 2.650602 2.650602 1.409279
2021-07-03 17:00:00 1.234568 1.234568 1.454201

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 0.763359 0.763359 0.679744
2021-07-08 17:00:00 2.409639 2.409639 0.695367
2021-07-07 17:00:00 0.813008 0.813008 0.777493
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.849604
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.861300
2021-07-04 17:00:00 0.000000 0.000000 0.898899
2021-07-03 17:00:00 1.401869 1.401869 0.870303

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-09 17:00:00 3.141672 3.141672 3.225355
2021-07-08 17:00:00 2.750092 2.808511 3.150919
2021-07-07 17:00:00 14.598540 14.598540 3.102704
2021-07-06 17:00:00 3.128023 1.838117 3.011191
2021-07-05 17:00:00 3.501946 3.501946 2.959929
2021-07-04 17:00:00 2.475479 2.475479 2.913443
2021-07-03 17:00:00 1.176051 3.225018 2.824951

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.846975 2.846975 3.061147
Basilicata 2.880658 2.880658 3.583539
Calabria 2.683063 2.683063 1.969071
Campania 9.572215 6.391170 6.026562
Emilia-Romagna 6.966925 4.222379 4.110936
Friuli Venezia Giulia 0.463594 2.390999 2.136780
Lazio 3.737542 3.737542 3.244277
Liguria 1.228324 1.228324 0.849425
Lombardia 1.915390 1.128414 1.164680
Marche 2.122905 2.122905 3.528273
Molise 2.427184 0.485437 0.472919
P.A. Bolzano 9.677419 4.435484 2.957666
P.A. Trento 0.523560 0.523560 0.683944
Piemonte 1.006289 1.006289 0.936219
Puglia 2.318230 2.318230 3.085463
Sardegna 2.472128 1.114881 1.108303
Sicilia 5.784173 3.582734 3.280702
Toscana 1.889500 1.889500 1.286340
Umbria 3.117506 3.117506 1.666526
Valle d'Aosta 0.763359 0.763359 0.679744
Veneto 3.141672 3.141672 3.225355

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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